„Tajemnice Emilki” to opowieść o wrażliwej, ciekawej świata dziewczynce, która nawet nie podejrzewa, jak wiele zmieni w jej życiu jedno wydarzenie, jeden sekret. Emilka zaczyna inaczej postrzegać świat wokół siebie. Próbując rozwikłać zagadkę kociąt, poznaje tajemnice innych. Zaczyna zadawać pytania, których wcześniej nie zadawała. I widzi rzeczy, na które przedtem nie zwracała uwagi.

Kto porzucił kotki pod płotem? Kim są sieroty europejskie? Czemu chłopcy się biją? Dlaczego bibliotekarz w ciepły dzień chodzi w szaliku? Kto mieszka w dzikim sadzie? Kto rozmawiał pod oknami dziwnie trzaskającym głosem? Co ukrywa Babcia? A Jolka? Co znaczy grzeczność Nuli? Jaki naprawdę jest Aki? Co trzyma w swojej wielkiej torebce pani Rysia? Może dobre wychowanie? Czy bliźnięta mogą być zupełnie do siebie niepodobne?

Wiele pytań zaprząta Emilkę, która podąża od jednej przygody do drugiej, od jednego sekretu do drugiego. Niepostrzeżenie kształtuje się charakter Emilki – staje się coraz silniejsza, odważniejsza i pewniejsza siebie. Zdobywa wiedzę, jak odmawiać, gdy nie chce czegoś zrobić, i jak nie przejmować się tym, na co nie ma wpływu.