Amazoński szaman Karamate to ostatni Mohikanin swego ludu. Tylko on zna tajemnicę Yakruny – rośliny, która jest remedium na wszystkie choroby człowieka. To cel poszukiwań dwóch białych naukowców, którym szaman towarzyszy przez 40 lat. Ich podróż powoli zamienia się w pełną tajemnic wyprawę do jądra ciemności. Obie wędrówki, podczas których szaman prowadzi naukowców przez Amazonię, krzyżują się wielokrotnie, wywołując poczucie bezczasowości miejsca, w którym się odbywają. Naukowcy uświadamiają sobie, że logika, którą się kierują, jest bezużyteczna w świecie mitów i rytuałów realniejszych od nauki. Po drodze wiele na nich czeka: od kanibalizmu po zdegenerowane kulty wyrosłe z katolicyzmu.

Film pokazuje fantasmagoryczną podróż zarówno w głąb Amazonii, jak i samego siebie. Obserwujemy świat intuicji, w którym przypadek, szaleństwo i magia odgrywają równorzędne role. Skojarzenia z „Czasem Apokalipsy” Coppoli czy jego pierwowzorem, „Jądrem ciemności” Conrada, nie są przypadkowe. Czarno-biały film powstał na podstawie dzienników podróży przez kolumbijską Amazonię, napisanych przez Niemca Theodora Kocha-Grunberga i Amerykanina Richarda Evansa Schultasa.