Upłynęło 20 lat od czasu, od wypadków opisanych w pierwszej części Deus Ex i w połowie XXI wieku, na Ziemi toczy się zacięta walka o podstawowe potrzeby do przetrwania – jedzenie, wodę, przywrócenie porządku i oczyszczenie świata ze skutków biologicznej i nano-technologicznej katastrofy. Ten stan przyczynia się do powstania wielu frakcji religijnych i politycznych, które chcą na swój sposób ukształtować nowe prawa.

Jednym z mieszkańców ziemi jest Alex D. Wciel się w tą tajemniczą postać i odkryj sekrety najpotężniejszych ludzi na Ziemi i znajdź rozwiązanie zagadki własnej tożsamości. Spraw, aby ludzkość podniosła się z popiołów.